Com a assinatura do Tratado de Assunção no ano 1991 estabeleceu-se a criação da Secretaria Administrativa cujas principais funções consistiam na guarda de documentos e apoio ao Grupo Mercado Comum. Sua sede permanente se encontra na cidade de Montevidéu - Uruguai. Em 1994 o Protocolo de Ouro Preto incluiu a Secretaria Administrativa do MERCOSUL na Estrutura Institucional do bloco, como órgão de apoio operativo, responsável pela prestação de serviços aos demais órgãos do MERCOSUL.

Em resposta a evolução do processo de integração a partir de 2002 os Estados partes decidiram transformar  a Secretaria Administrativa do MERCOSUL em uma secretaria técnica, passando a utilizar a denominação “Secretaria do MERCOSUL”.