Con la firma del Tratado de Asunción en el año 1991 se estableció la creación de la Secretaría Administrativa cuyas principales funciones consistían en la guarda de documentos y apoyo al Grupo Mercado Común. Su sede permanente se encuentra ubicada en la ciudad de Montevideo, Uruguay. En 1994 el Protocolo de Ouro Preto incluyó a la Secretaría Administrativa en la  Estructura Institucional del bloque, como órgano de apoyo operativo, responsable de la prestación de servicios a los demás órganos del MERCOSUR.

En respuesta a la evolución del proceso de integración a partir de 2002 los Estados Partes decidieron transformar a la Secretaría Administrativa del MERCOSUR en una secretaría técnica, utilizando la denominación “Secretaría del MERCOSUR”.