A Secretaria do MERCOSUL (SM) foi criada pelo Protocolo de Ouro Preto em 1994, como órgão de apoio operativo responsável pelo fornecimento de serviços aos demais órgãos do MERCOSUL. Em dezembro de 1996, o MERCOSUL assinou com a República Oriental do Uruguai um Acordo de Sede, aprovado pelo MERCOSUL pela Decisão CMC Nº 04/96 e pelo Governo do Uruguai pela Lei Nº 16.829 de 29 de maio de 1997, estabelecendo a sede permanente da Secretaria do MERCOSUL na cidade de Montevidéu.

Até o ano 2002, a Secretaria desempenhava atividades de: arquivo oficial da documentação do MERCOSUL; publicação e difusão das decisões adotadas no âmbito do MERCOSUL; organização dos aspectos logísticos das reuniões dos órgãos do MERCOSUL dentro e fora de sua sede permanente; informação regular aos Estados Partes sobre as medidas implementadas por cada país para incorporar no seu ordenamento jurídico as normas emanadas dos órgãos do Mercosul previstos no Artigo 2º do Protocolo de Ouro Preto e outras tarefas solicitadas pelo Conselho do Mercado Comum, pelo Grupo Mercado Comum e pela Comissão de Comércio do MERCOSUL.

Com a evolução do processo de integração, no ano 2002, os Estados Partes decidiram transformar a SAM em Secretaria Técnica. Por intermédio da Decisão Nº 30/02 do Conselho do Mercado Comum, a atual Secretaria do MERCOSUL (SM) recebeu novas funções e estabeleceu-se no Setor da Assessoria Técnica.

Atualmente, a estrutura e o funcionamento da Secretaria estão determinadas pelo estabelecido na Decisão CMC Nº 07/07, que deroga os Anexos I e II da Decisão CMC Nº 30/02.

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