La Secretaría del MERCOSUR (SM) fue creada por el Protocolo de Ouro Preto en 1994, como órgano de apoyo operativo responsable de la prestación de servicios a los demás órganos del MERCOSUR. En diciembre de 1996, el MERCOSUR firmó con la República Oriental del Uruguay un Acuerdo de Sede, aprobado por el MERCOSUR por Decisión CMC Nº 04/96 y por el Gobierno de Uruguay por la Ley Nº 16.829 de 29 de mayo de 1997, estableciendo la sede permanente de la Secretaría del MERCOSUR en la ciudad de Montevideo.

Hasta el año 2002, la Secretaría desempeñaba actividades de: archivo oficial de la documentación del MERCOSUR; publicación y difusión de las decisiones adoptadas en el ámbito del MERCOSUR; organización de los aspectos logísticos de las reuniones de los órganos del MERCOSUR dentro y fuera de su sede permanente; información regular a los Estados Partes sobre las medidas implementadas por cada país para incorporar en su ordenamiento jurídico las normas emanadas de los órganos del MERCOSUR previstos en el Artículo 2º del Protocolo de Ouro Preto y otras tareas solicitadas por el Consejo del Mercado Común, por el Grupo Mercado Común y por la Comisión de Comercio del MERCOSUR.

Con la evolución del proceso de integración, en el año 2002, los Estados Partes decidieron avanzar en la transformación de la SAM en Secretaría Técnica. Por intermedio de la Decisión Nº 30/02 del Consejo del Mercado Común, se asignaron nuevas funciones y se estableció el Sector de Asesoría Técnica.

La estructura y el funcionamiento de la Secretaría están determinadas por lo establecido en la Decisión CMC Nº 07/07, que deroga los Anexos I y II de la Decisión CMC Nº 30/02.

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